Landsmøtet er Stoffskifteforbundets øverste myndighet og holdes annethvert år. Der møtes representanter fra regionråd og lokallag. Landsmøtets oppgave er å trekke opp linjene for forbundet, kontrollere resultatene og velge forbundsstyre.

Stoffskifteforbundet består for øvrig av et forbundsstyre, regionråd, lokallag, kontaktutvalg og valgkomité.